גולת הכותרת באום אל -קנאטיר היא בית הכנסת העתיק שנבנה, ככל הנראה, במאה החמישית לספירה. בנייתו של בית הכנסת מרשימה והוא מהמפוארים והחשובים מתקופה זו שנמצאו בארץ ישראל. בתקופת הקמת בית הכנסת היה היישוב היהודי היה מצוי תחת שלטון נוצרי, וניכר כי בהיותם מיעוט נדחקו היהודים אל אזורי השוליים הכלכליים בגולן המרכזי ובגליל העליון.
צמוד לפתח הראשי של בית הכנסת עומדת היכלית ארון הקודש (הבימה עליה הוצב ארון הקודש). גילוי ההיכלית עורר התרגשות בעולם המחקר – לראשונה נמצאה בארץ היכלית במצב השתמרות טוב כל כך. את ההיכלות עיצבו הבנאים בדמות חזית בית המקדש בירושלים – כך הקנו מקום של כבוד לזיכרון המקדש, מאות שנים לאחר חורבנו. דגם של בית הכנסת, הכולל אבנים מקוריות, מוצב באגף הארכאולוגיה של מוזיאון ישראל.
בית הכנסת העתיק, שהיה כבר במצב של סכנת קריסה, עם נזילות מים ושיפוצים שנעשו בעבר ופגעו במבנה – עבר שיפוץ כולל בסך 2 מיליון שקלים. במסגרת הפרויקט נעשה תיק תיעוד מפורט ובאמצעות עגורן שער שהותקן על ידי חברת מול ההר פרוייקטים בית הכנסת חזר לתצורתו המקורית, כולל צבעי הקירות, שיחזור שלט הכניסה וארון הקודש והכנסת תשתיות חדשות של מזגנים, כיבוי אש ותמיכות של המבנה למניעת קריסתו וייצובו מחדש.
